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本次遊戲的舞台僅限於密阿雷市內。密阿雷市規模龐大，設有多個帶有綠色投影的“野生特區”，區內地形多樣，是野生寶可夢活躍的區域。白天進入這些區域，玩家可以捕捉寶可夢並進行訓練。
到了夜晚，部分區域會轉變為ZA登峰戰的場地，眾多訓練家在此等待玩家挑戰。此時，玩家仍可進入原有的野生特區。
通過挑戰訓練家，玩家可以獲得點數，並從Z級逐步晉升至A級。根據劇情設定，當玩家升至A級時，便可實現一個願望。每次晉升都需要進行升級戰，這也是《寶可夢傳說 Z-A》的核心內容之一。
接下來，重點介紹本次戰鬥系統的重大變革。
戰鬥機制：野外對戰與捕捉
相信大多數玩家已經知道，《寶可夢傳說 Z-A》徹底摒棄了以往《寶可夢》系列的回合制對戰。那麼實際體驗如何呢?
首先，本作的戰鬥為無縫銜接，無需轉場即可開始。當玩家靠近寶可夢或可對戰的訓練家時，按下ZL鍵鎖定目標寶可夢，此時可選擇偷襲以搶佔先手優勢。進入戰鬥後，需持續按下ZL鎖定敵人，並配合A、B、X、Y鍵施放技能。
我方寶可夢會跟隨玩家操作的角色移動，但無法直接指揮其移動到特定位置。寶可夢在施放技能前後均有較長的硬直時間，因此，想要帥氣地閃避對方攻擊並反擊，實際上並不容易。
由於技能施放前後的硬直，若在戰鬥開始後立即出招，而對方也採取相同行動，整體感覺與以往互相對攻的模式有些相似。若想閃避敵方招式，後手攻擊反而更為穩妥。
除了施放技能，切換寶可夢的操作也是完全即時的，敵方攻擊不會因此停止。唯一能暫停遊戲的方式是打開功能表使用“傷藥”等治療道具。因此，在整個戰鬥過程中，玩家需兼顧自身位置、緊盯敵方招式、並適時切換寶可夢施放合適技能，操作相當繁忙。
當野生寶可夢的HP歸零後，會進入暈眩狀態，此時即可進行捕捉。《寶可夢傳說 Z-A》的捕捉方式類似於《寶可夢傳說 阿爾宙斯》，通過螢幕中央的準星投出精靈球進行捕捉。
在野生區域，還存在體型稍大、眼睛泛紅光的頭目寶可夢，與之對戰更具挑戰性。對於玩過《寶可夢傳說 阿爾宙斯》的玩家來說，這一機制並不陌生，並延續到了本作中。
需要注意的是，可捕捉的時間有限，且即時戰鬥會導致螢幕中央的準星並不總是鎖定在敵方寶可夢身上。因此，戰鬥結束後需及時調整準星進行捕捉，否則多次投球失誤，寶可夢可能會逃跑！
不過，與《寶可夢傳說 阿爾宙斯》相比，本作中未命中的精靈球可以回收，不同於以往投出即消耗的設定。另外，即使擊暈對方，也不代表100%捕捉成功。
戰鬥機制：ZA登峰戰與升階戰
隨著遊戲內時間進入夜晚，原本充滿野生寶可夢的區域會出現許多訓練家，此時“ZA登峰戰”環節開啟。這部分可視為以往野外訓練家挑戰的延伸，若進入這些訓練家的視野，他們會主動攻擊我方，因此同樣可以遠距離鎖定並偷襲以取得先手。
在ZA登峰戰期間，螢幕會顯示一些卡片任務，例如挑戰若干訓練家等。完成這些任務即可獲得點數，點數累積到一定程度後，便可進行升階戰。升階戰的感覺類似於過去的道館戰，玩家需擊敗訓練家以提升等級，從最初的Z級一路升至A級。
戰鬥機制：挑戰超級進化寶可夢
本作中最考驗操作的莫過於對戰“失控超級進化”的寶可夢。比如超級進化的大食花，這類挑戰預計將成為遊戲後期的主要玩法。獲勝後可以獲得該寶可夢的進化石，用於解鎖超級進化。
整場戰鬥時間較長，約10至15分鐘。超級進化寶可夢的氣勢和畫面表現均與眾不同，招式多樣，包括單發攻擊、全場範圍攻擊等。此時，我方也可使用超級進化的寶可夢迎戰。首次超級進化時會有動畫展示，但同場戰鬥中第二次超級進化則不再播放動畫。
使用超級進化後，能量條會隨時間逐漸減少。但攻擊失控超級進化寶可夢到一定程度後，它們會掉落“超級能量”，靠近並拾取這些能量球即可補充超級進化能量。
戰鬥機制：關於戰鬥失敗
與野生寶可夢和超級進化寶可夢對戰時，失敗的條件是我方角色的HP歸零，而非寶可夢的HP。與這些野生寶可夢戰鬥時，玩家操作的角色也會成為攻擊目標。除了走位閃避，還可通過翻滾躲避攻擊。不過，我方角色的HP不可見，僅在瀕死時螢幕會閃爍紅光提示，這一點略顯不便。
若在戰鬥中失敗，玩家會被直接送回寶可夢中心，恢復寶可夢後可再次挑戰。
然而，在與訓練家對戰時，例如ZA登峰戰和升級戰，則回歸傳統模式，敵方寶可夢不會攻擊玩家角色，而是針對我方寶可夢。
第一章：取回旅行包
本次故事一開始，就以密阿雷市平靜下潛藏的巨大危機為開場“棱鏡塔狀態十分不穩定！”可能要發生異變！
接著不知是帶入了誰的視角，但我們還是聽到了兩位元黑衣人的對話，他們隸屬於某個大型公司，為了解決密阿雷市的問題，打算讓公司的隊伍去調查棱鏡塔。
棱鏡塔還在這時發出刺眼的紫光，看起來事態十分緊張，看來，必須找到最強的超級進化訓練家來解決這個問題了（那必然是我啦）
隨著帶入者的合眼，遊戲也馬上將主視角轉到主角身上（怎麼車上還看朱紫裡的館主直播的，嚴肅點）。看起來我們的目的地也是密阿雷市
該說不說這代主角建模好看不少，出站後，首先最顯眼的就是一個寶可夢中心，這個位置的寶可夢中心也會是前期我們用的最多的一處地方，任何受傷或者死亡的寶可夢都可以在這裡復活。
環視一圈密阿雷市之後，我們的注意力被一旁的少女所吸引，只見她在悉心教導三個小寶可夢（估計就是禦三家），要幫忙一起宣傳家裡的旅館，讓客人主動來留宿。
別說了，這個大怨種肯定就是我們了。
在與少女攀談之後，她了解到我們觀光客的身份，願意當我們在這座城市的嚮導，但是前提是得幫她宣傳他們家旅館，說一句“旅館Z超棒”，一起拍一個宣傳片。
沒想到要拍攝的時候背後大螢幕竟然亮了，沒辦法，為了不把大螢幕的聲音錄到宣傳片裡，只能稍微等一會了。
通過髮型，我們不難發現，這個闊星公司的總裁捷朵，多半就是遊戲開場時的兩名黑衣人之一（這個呆毛太好認了）。
她交代由於本市是非常特殊的人與寶可夢共存的城市，因此設立了名為野生特區的區域來與寶可夢共存。
同時，闊星公司正在推進度市開發區計畫，通過闊星公司開發並設置在城市各處的特殊全息影像，可以從視覺上獲取到關於密阿雷市的各種訊息。
這麼看，從具體幹的內容上將，闊星公司算是從劍盾之後整個大勢力中最幹事的了，不僅建立了根本的與寶可夢和諧共處的社區，還多了一個惠民的科技發展，可惜不知道棱鏡塔不穩定的現在，這個計畫還是否能正常實施。
看完闊星公司的廣告後，就該繼續我們的宣傳片拍攝了，可惜，在少女剛剛說完，你也一定會喜歡這個城市和寶可夢的，我們的包就被一個壞蛋偷走了。
直到這時這少女還天真地以為這個寶可夢是幫我們搬行李的。。。怎麼看都不像啊！（不知道為什麼突然想起了巴黎，也是有一個塔，同樣小偷也非常多）
別那麼多廢話了，快追啊！這裡我們可以跟著逃跑的那個小偷寶可夢一路追，也可以跟著少女領著的禦三家，他們會幫我們指引正確的追人道路。
跟到盡頭處，會發現他停在了兩個背包客面前，炫耀自己剛從我們這裡偷來的戰利品，從他們的對話中我們得知，這個小偷是一隻寶可夢，名為頑皮熊貓沒想到就這樣我們主角還要被人吐槽，包怎麼這麼醜。
這男的更絕，乾脆直接說頑皮熊貓可能就是想撿垃圾，還說交給員警讓別人表揚一下（這男的怎麼腰帶上掛了一圈精靈球。。）
這怎麼可以，我們得趕緊把自己的包包拿回來！通過觀光客的驚呼得知，我們身旁的少女名為塔霓，是昨晚擊敗這兩位背包客的優勝者。
可惜這倆背包客實在沒實力，塔霓根本不記得他們是誰，這下惹怒了兩個本就手下敗將的背包客，他們答應主角可以返還背包，但前提是擊敗他們兩個才行。
不是，我就一外地旅遊的，為何還要跟別人打一場。
接下來就來到寶可夢系列非常經典的禦三家三選一環節，我推薦選擇克制草屬性的暖暖豬。
接下來就是本作的戰鬥教學，可以說完全顛覆了阿爾宙斯或者傳統寶可夢的玩法，召喚師可以隨意翻滾走動，並且利用按鍵去主動釋放技能，更自由了。
這裡我們擊敗敵方的背包客之後，就顯示能完成任務了。
看到我們的表現後，塔霓也是被我們首戰告捷的實力所折服，甚至說出了我們的相遇是命中註定這種類似於告白的話。
人家女生都這麼主動了，你說這扯不扯，那還說啥，直接成為精靈訓練師！
隨著遊戲時間進程推進，遊戲內時間也到了晚上，遊戲內新的機制也出來了，那就是夜間特有的對戰特區，每次一到夜間城市會有大片區域成為野生pvp地點（魔獸野外開紅沒懲罰了屬於是）
第一章：逃離特戰區
既然這裡這麼危險，我們還是優先撤離吧，這裡我們只要跟著塔霓走就好。
還真跟塔霓說的一樣，大街上人都會隨便攔住你邀請決鬥，這裡我們因為一開始選的暖暖豬，不會被皮寶寶克制，靠著禦三家數值隨意虐他。
以為解決掉這一個，就萬事大吉，沒想到在出口處還有一群以多欺少恃強淩弱的混混團體，堵玩家的撤離點（三角洲堵橋還在追我）
給塔霓都幹無語了
這裡塔霓本來想幫我們擋在，她來出手，結果不知道哪裡飛來一隻閃光異色的花葉蒂，這可真少見，看起來不是野生的，也不是敵人，而是來幫我們的。
一發魔貫光殺炮就給對面全體秒殺了，渣都沒剩下，算了，反正與我們無關，趕緊逃出去吧。
出去後，塔霓顯然和這隻花葉蒂很熟，主動將我們介紹給她認識。不過這些都不重要，趕緊回旅館吧，主角一天經歷這麼多事早就困死了。
你們家酒店風格好詭異啊，有種中亞配合巴黎綠的風格，進入酒店後，不知為何，酒店老闆也是非常熱情的招待了我們。
獲得鑰匙進入房間後，就可以去保存啦，酒店是日後我們主要要來的地方之一，很多時候出生點也是在酒館這裡。
整頓好後塔霓回來來找我們，她希望我們能成為她的勁敵一起成長，一同加入z之隊。這也算是店長對塔霓的栽培之恩的回報。
鏡頭回到店長這邊，從他的神情和說的話來看，我們來到密阿雷估計另有隱情。
第一章：密阿雷生活開幕
結束第一天的吵鬧生活之後，在酒館也是匆匆休息，時間到達第二天之後，新的主線出現了，密阿雷生活開幕。
醒來後塔霓給我們解釋了密阿雷最近舉辦的ZA登封賽，優勝方法是達到最高級別A級，從Z級開始逐漸提升，類似於前幾代的道館。
塔霓這時候又再次不死心，邀請我們一同加入超Z隊，取得優勝，這裡除了拒絕也沒有別的選項，加入後可以獲得超Z隊的衣服和腰包。
ZA登封賽可以在App提前獲取到參賽者資訊，提前準備好屬性克制的賽前準備。
店長這時候也摸到我們背後，一向寡言的他只希望我們能為了解開密阿雷的悲傷，一路贏下去。
在這裡我們見到了超Z隊的另一位成員，玳蘿，她來這裡似乎另有隱情。
不過塔霓才不關注她的身世介紹，她只想趕緊教會我們基礎戰鬥技巧，第一項：翻滾，數量掌握後馬上彰顯戰鬥狂魔本質，要拉著我們出去比試一場。
這張戰鬥算是比較有難度了，因為塔霓的戰鬥夥伴一共有兩位，分別是菊草葉和小鋸鱷，所以不管禦三家選什麼，都會被她後手克制，因此需要數量掌握翻滾，掌握戰鬥時機。
擊敗塔霓之後，她指引我們前往下一處任務地點，寶可夢中心。
由於本作的場景發生在城市中，街道非常多，玩家不熟悉路的話很容易迷失在裡面，因此每一個任務地點周邊有無寶可夢野生區域，對戰區域，都會給玩家標出來。
到達寶可夢中心之後，在前台小姐的幫助下，我們安裝好寶可夢圖鑒，並且得知這裡目前正在舉辦活動。
只要抓到5只或者5只以上的寶可夢，將他們登記在圖鑒中，就可以回來領取獎勵。注意一定得是不同種類的寶可夢才可以，閃光和異色系等特殊個體也只會算作一種。
接到活動要求後，剛好塔霓也想要教導我們戰鬥技巧，跟隨指引前去主線目的地，她會在野生特區等我們。
野生特區是闊星公司的主要項目之一，主要就是為了讓人和寶可夢可以城市中和平共處。
這裡面寶可夢的種類數量非常多，小編甚至在裡面還發現了凱西，可惜沒抓到。
這裡面的寶可夢都是可以隨意捕捉的，由於本作是ns獨佔，所以一切鍵位我皆以NS按鍵為主。
投擲精靈球的時候准信會自帶吸附鎖定，我們僅需要按左扳機去打開准信，隨後按右扳機去投擲即可。
影響成功率的要素一共有兩點
①怪物剩餘血量，血量越少幾率越高
②在怪物背後丟球，背刺可以提高幾率（乘他病要他命）
獲取到5只寶可夢之後，我們趕緊回去交任務，在這裡我們能遇到寶可夢中心的院長，這就牽扯到了本作了有一個機制改動。
初次見到院長，可以看出來她是一個很有研究者氣質的人，她對本市野生特區的存在很不滿，認為特區的出現弊大於利。
在她得知我們在如此短的時間收集到5個寶可夢之後，對我們的存在表現出極大地興趣，並表示她的研究項目正需要我們這種人才。
這裡就可以引出本作新的改動機制了，眾所周知！以往的寶可夢的技能學習獲取氛圍兩種，傳授以及升級獲得。
而本作將傳授的獲取方式徹底刪除，取而代之的是由寶可夢中心院長茉蜜姬的任務獎勵技能卡片，我們可以自由放在屬性適配的寶可夢身上。
這也就導致了本作的收集圖鑒的優先度大大提高了。
話題扯遠了，告別茉蜜姬之後，我們離開寶可夢中心，在這裡可以遇到我們超Z隊的最後一個成員，沒想到這個小尼哥居然就是我們隊中的採訪，他送給我們一頂新的帽子後就離去了。
怎麼感覺這個帽子是個新的地圖收集要素。。求求你了千萬不要，我不想寫全地圖收集。。
這之後塔霓會給我們打電話，讓我們先試用下載寶可夢中心獲取到的新技能，比如將碎岩交給掘掘兔，可以讓它破壞街道上擋路的石頭，這個東西類似於寶箱，可以在裡面獲得各種道具。
回去找塔霓交付任務，即可完成當前主線。
在與塔霓溝通的時候，手機上會彈出一則挑戰通知，有人向我們超Z隊發起登峰戰的邀戰申請。
第二章：參加ZA登峰戰
既然都被人教上門，哪有不戰的道理，不過在參與戰鬥之前，塔霓還是推薦我們先磨煉自己的戰鬥技巧。
這裡跟隨塔霓一路前往戰鬥特區，與剩餘隊員匯合，參與野外戰鬥獲取經驗。
當然，也不僅僅是為了提高戰鬥經驗而已，想要參與登峰戰還需要我們擁有一分挑戰券，而一個挑戰券就需要1000戰鬥點數。
那麼獲取戰鬥點數的好方法是什麼，那當然是打扁對戰特區裡的不知死活的訓練師們啦。
過程中，如果出戰的寶可夢負傷了，不要忘記調換他們的出戰順序，或者利用包中的傷藥等道具，為寶可夢恢復傷勢，如果陣亡的寶可夢過多，
就只能去找在街道中隨時準備幫忙的塔霓，叫她幫我們恢復寶可夢啦。
同時，作為一款對戰遊戲，肯定是有打贏有錢打輸虧錢的理論的，如果玩家在戰鬥中失敗，則會損失一半的獎金幣，死亡懲罰也太重了吧喂！
擊敗足夠數量的精靈訓練師之後，塔霓會邀請我們回寶可夢中心碰面，如果狀態不佳的玩家也不用擔心被npc打死，因為本作是有傳送系統的，我們只要在塔霓打完電話之後，直接傳送回寶可夢中心即可。
或者挑戰券之後，就可以繼續赴約啦，讓我來好好會會這個妄想挑戰主角的兔崽子。
好科學的遊戲，寶可夢城市內甚至還有計程車，我們這次的挑戰者就是位計程車司機，我們去他常去的位置直接找他就好，塔霓會給我們位置標註的。
紮克的第一隻出場寶可夢是呆呆獸，呆呆獸是水屬性，弱草，因此我們找出草屬性的寶可夢即可輕鬆對付他
第二只是一般屬性和飛行屬性的寶可夢，正常應對即可。
第三只是大家都眼熟的寶可夢：皮卡丘，不過電系被岩石系和飛行系克制，這兩個屬性在初始野生特區也算比較常見。
（別學智神，天天當那個逆屬性大師，打啥都上個皮卡丘，我要是小霞小剛，上去給小智一個鼻竇）
靠著極為優秀的屬性知識，我們輕鬆擊敗之後到達了Y級，接下來升到級指日可待啊！
戰鬥勝利之後，又會有一位新NPC前來祝賀我們，並且讚歎我們的屬性克制思路，她就是瑪琪艾兒。通過對話可以得知她的身份是一位偵探。（嘿嘿，長得真可愛，w嘴~）
（我去。。。忍者跑。。。原來這裡是木葉）
就這樣，緊張刺激的登峰戰（升階戰也就結束了）
第二章：仰望棱鏡塔的都市
返回旅館之後，超Z隊的大家都為主角的凱旋歸來表達祝賀，還對主角能獲得瑪琪艾兒這位寶可夢高手的讚揚，表現出不可思議之情。
然而在平靜之下，又是新的挑戰按耐不動，讓人絲毫沒有如釋重負的感覺，說的就是你臭細胞，別躲暗處看了
酒足飯飽，休息一晚上之後，從房間出去，去酒店外面找夥伴們集合。
從夥伴們的對話可以得知，棱鏡塔並非是城市創立之初就存在，而是後面建立的，現在已經成為了城市的地標，可惜最近正在施工，根本進不去。
隨塔霓外出的時候，能遇到旅館專屬的施工隊，就是這個施工隊長塔拉剛的嘴子好臭啊，說話也太尖銳了，旅館還真是一個客人都沒有（畢竟主角加入超Z隊之後就白吃白住）
其實塔拉剛也想給旅館增加客流量，他這裡就牽扯出了遊戲又一個新的玩法，速力酷，整體的玩法更像是一個又收集要素的跑酷競速路線，靠獲得的彩色螺絲可以去兌換各種道具
對話結束後，會送給我們一個護符，這是本作新的訓練師護符槽位，可以通過讓訓練師身上自帶的道具，為自己的寶可夢帶來各項增益。
比如老師傅送的這個玩偶就是增加寶可夢獲得的經驗。
與塔霓告別施工隊老師傅後，塔霓表示為了節省時間，她要帶我們走一條只有當地人才知道的小路，可惜小道的必經之路卻被一種叫做超級結晶的東西擋住了。
其實這跟擋住路的岩石同屬同一個東西，我們只需要讓寶可夢將它打爆即可。
擊碎之後可以獲得超級碎片，想要打破超級結晶沒有岩石那麼麻煩，沒有說一定要用特定的技能去打破。實際上只要是主動攻擊技能都能打碎超級結晶。
別說了，肯定又是一種特殊貨幣，我寫寫寫
一邊跟著塔霓前進，一邊注意收集沿途的超級結晶，根據對話知道目前有個大企業在手機這個結晶碎片，估計就是闊星公司。
跟隨塔霓一路直線沖向棱鏡塔，從高樓上落地之後，我們可以看到另一處野生特區，根據塔霓的講解，每一處野生特區的棲息寶可夢都各不相同。
代表我們以後想要全圖鑒必要蠻圖跑，這代甚至沒坐騎，悲！
進入新的野生特區之後，茉蜜姬就會給我們下發新的調查任務。這裡還有鯉魚王不要忘了抓，畢竟暴鯉龍強度還是有滴，只比水主差一點。
捉到想要的寶可夢之後去找塔霓匯合,為了表示對我們升階勝利的祝賀，她要請我們大吃一頓，可惜正在享受約會的時候，有人來搗亂。
