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序章：伊甸星
1、劇情流程
遊戲從“諾曼第”號成功進入了品質中繼點開始，Joker對於同行的“幽靈”特派奈利斯似乎很不滿，對他的答覆會+2道德值。
在船上四處對話，與醫生和下士的對話+2道德值。
隨後進入通信室與安德森和奈利斯對話，這時突然傳來了伊甸星被不明敵人襲擊的信號，奈利斯先行下船探路，主角帶領特別行動隊隨後出動支援。
下船後向前走一段路後會發生劇情，一名隊友被桀斯當場打死，結束戰鬥後不要忘記調查隊友的死屍，+2道德值。再往前碰到阿什麗正在被桀斯追殺，隨後阿什麗加入隊伍，並送你一把打擊者I手槍和穿甲彈I，初始對話+2道德值，選擇小隊情況對話項+2道德值。向前調查挖掘地點後爬上一個小山坡，一群桀斯改造的屍傀會圍上來襲擊，千萬不要被它們近身，屍傀的自爆技能很強。殺光敵人後就可以用“解碼”技能去開門了，和裡面的科學家對話，選擇保護他們+2楷模，打暈助手+9叛逆，兩項並不衝突。
看過薩倫開冷槍的過場後，來到車站前。
消滅第一波敵人後先不要去調查奈利斯的屍體，去旁邊打開鎖住的門，裡面會出來三個農夫，和他們對話並指出走私是犯罪+2楷模，送一把毒刺II手槍;如果有1點談話技巧再加送一個戰鬥感測器I，+2道德值;如果有3點談話技巧，得知走私人姓名，+2道德值並開啟新的劇情，下面有介紹。房子裡面的箱子要用“電子學”開鎖。然後進入車站調查奈利斯的屍體發現倖存者，如果剛才得知走私人的姓名，這裡會出現特別對話，+5手雷，談話技巧再得到手雷升級組件，+2道德值。
向前進入月臺，其中有個敵人必須用“投擲”才能殺死。這裡如果有狙擊槍用很舒服，一個個狙死。殺完敵人後上傳送車。
下車後有4個炸彈要拆除。不過不用擔心炸彈，時間是很充裕的。建議先專注打敵人，然後再拆彈。炸彈位置在雷達上有旗子標注。然後去找信號發生器，消滅四周的敵人後不要立刻調查它，把地圖內的箱子都打開再說，這個地方過關以後是來不了的。
回到船上一系列劇情後，可以四周走一走調查，和阿什麗對話談論“你想阻止什麼”，+2道德值。去和Joker說話結束序章。
2、地圖
諾曼第：指揮甲板
諾曼第：船員休息區
諾曼第：動力區
伊甸主星：宇航中心
伊甸主星：地面
3、百科收集
指揮甲板
休息區/動力區
地面百科
第一章：神堡
1、劇情流程
跟烏迪納大使的交談，如果咒駡議會+2叛逆值。出門後可以做快捷運輸直接去神堡巨塔參加聽證會，在塔里會遇到蓋拉斯，他正在試圖堅持對薩倫的調查。向前走上臺階見到安德森，進入聽證會。
會後烏迪納大使讓你去“柯拉的洞穴”去找一個名叫哈金的C-sec警員打聽蓋拉斯的消息，安德森則向你建議還可以去金融區找情報販子影子經紀人的代理人巴拉.馮去打聽情報。詢問安德森與薩倫的過節，+2道德值。
a.先去銀行打聽出萊克斯的資訊，然後去C-sec找萊克斯使他加入隊伍。然後去醫療診所觸發戰鬥劇情讓蓋拉斯加入，或等成為“幽靈”後再在C-sec的電梯前加入他;
b.先去“柯拉的洞穴”會遭到兩個突銳人殺手的襲擊，並碰到萊克斯在找“拳頭”，跟哈金對話得知蓋拉斯在醫療診所，到醫療診所觸發戰鬥劇情讓蓋拉斯加入，+2道德值。然後去C-sec找萊克斯使他加入，或等成為“幽靈”後再在C-sec的電梯前加入他，這樣可以得到大量的星幣。
無論何種選擇下麵都要到“柯拉的洞穴”見“拳頭”。進入“拳頭”辦公室前跟工人對話，談話技巧可以避免戰鬥並+2道德點。
戰鬥結束後，選擇殺掉“拳頭”或贊同萊克斯殺掉“拳頭”+2叛逆。拿上光碟然後立刻沖出去救那個奎利人，全滅敵人後和奎利人對話。自動回到到大使館，塔莉加入。然後去神堡巨塔將證據公佈給最高議會，主角被任命為“幽靈”特工，專職追殺薩倫，額外各增加1點“魅力”和“威嚇”，對話+2道德值。
進入C-sec中心的電梯到達港口，烏迪納大使和安德森告訴你三個可去調查的星球，+2道德值。這三個地點分別是三個獨立的章節，個人建議最優先拯救莉亞娜，不僅是因為她是個不錯的隊友還有愛情支線，而且另外兩個地點都有一些需要較高等級解碼或電子學才能打開的箱子，需要高等級的談話技巧，後來再去報酬多。
2、地圖
元環區
巨塔
泛潮與衛區入口
衛區下層
安全部
衛區上層
3、百科收集
元環區
巨塔/衛區下層
衛區上層/對接灣
4、神堡的支線任務
總覽
（任務——開啟點——目標）
神堡：掃描護工——巨塔——科本
神堡：阿莎麗靈姬——靈姬會所——莎愛拉
神堡：謝爾塔的抱怨——柯拉的洞穴——賽普將軍
神堡：魂歸故里——元環區——巴提亞
神堡：元環區先知——元環區——C-Sec警官
神堡：賈赫德的恐懼——安全部——賈赫德
神堡：蜜雪兒醫生——市場區上層——蜜雪兒醫生
神堡：仰慕者——市場區上層——康納德
神堡：記者的請求——市場區上層——艾米麗王
神堡：麗塔的妹妹——泛潮——麗塔
神堡：信號追蹤——泛潮——可疑的賭博機
神堡：謝爾茲的掃描器——泛潮——謝爾茲
神堡：掃描護工
接受途徑：
1.與神堡巨塔中央的科本對話;
2.任務賈赫德的恐懼中從科本或賈赫德手中接到。
每個護工檢查一次就好，共21個（詳情請查看本攻略地圖部分）。每檢查一個都能得到經驗和星幣，完成任務後再得到大量經驗和星幣。建議先完成這個任務，再進行“賈赫德的恐懼”任務，否則可能會毀掉這個任務。
（巨塔前的護工掃描後，仍會出現掃描標誌，但虛擬嚮導會拒絕掃描，這是原版程式bug.）
神堡：阿莎麗靈姬
接受途徑：第一章開始後去靈姬會客廳和前臺對話，之後跟莎’艾拉對話後得到。
去“柯拉的洞穴”找塞普蒂默斯將軍對話：
a.勸服失敗，任務消失;
b.勸服他，用不用談話技巧都可以，隨後他會給你另一個任務。
回到靈姬會客廳報告：
1.選擇要報酬可以看一場床戲，+2叛逆，EXP1173星幣44000醫療膠+1;
2.不主動要報酬，+2楷模，EXP1173星幣44000醫療膠+1。
如果先完成謝爾塔的控訴任務，最後莎’艾拉會給你一個普洛仙小飾品，用這個去阿提卡B星雲大力神星系的愛蘭塔尼亞行星的普洛仙遺址，就可以得到額外大量經驗並看到一段精彩的故事。
神堡：謝爾塔的控訴
接受途徑：在阿莎麗靈姬任務中勸服塞普蒂默斯將軍後得到。
去沃勒人和艾柯人的辦公室和謝爾塔對話，EXP117星幣11000，最後勸慰謝爾塔能夠和解，+2楷模。
建議先完成這個任務後再去完成阿莎麗靈姬任務，這樣有額外獎勵。
神堡：魂歸故里
接受途徑：塔莉加入後，在使館區門口和巴提亞對話。
去和使館區酒吧裡的辦事員博斯克對話：
a.支持政府保留屍體，EXP117，回去勸服巴提亞。談話技巧額外+8楷模/+9叛逆，EXP1173;
b.用3點談話技巧要回屍體，+8楷模/+9叛逆，EXP117，回去找巴提亞對話，EXP1173。
神堡：元環區先知
接受途徑：第一次聽證會結束後在前往衛區前的廣場與正在爭論的C-sec警官和哈納人對話。
分別和兩人對話後，可以選擇：
a.幫哈納人買證件，-150星幣，EXP117醫療膠+1;
b.用談話技巧幫哈納人勸警官，+8楷模/+9叛逆，EXP1173醫療膠+1;
c.幫警官趕走哈納人，+8楷模/+9叛逆，EXP1173萬用膠+10。
神堡：賈赫德的恐懼
接受途徑：和C-Sec警署裡的賈赫德對話。
去和科本對話：
a.如果你還沒接受掃描護工的任務，會和科本戰鬥，勝利後如果殺掉科本+9叛逆，放走他什麼都不得，但可以從他手中接到掃描護工的任務。回去見賈赫德：
1.送他進監獄，EXP1173星幣11000，如果掃描護工的任務之前沒完成，就此終止。
2.接受他的賄賂，EXP1173星幣55000，還可以從他手中接到掃描護工的任務;
3.用談話技巧支持他的研究，+8楷模/+2叛逆，EXP1173星幣11000，還可以從他手中接到掃描護工的任務;
b.已經從科本手中接到掃描護工的任務：
1.勒令他停止這項研究，+8楷模，如果掃描護工的任務之前沒完成，就此終止。回去見賈赫德：
(1).送他進監獄，EXP1173星幣11000;
(2).接受他的賄賂，EXP1173星幣55000;
(3).用談話技巧讓他停止研究，+8楷模/+2叛逆，EXP1173星幣11000;
2.支持他的研究，回去見賈赫德，EXP1173星幣11000。
神堡：蜜雪兒醫生
接受途徑：成為“幽靈”後和蜜雪兒醫生對話。
去莫蘭的商店，克洛根敲詐者出來後：
a.殺掉他;
b.有6點的“魅力”或3點的“威嚇”可以讓它走人，+8楷模/+9叛逆。
結束後和蜜雪兒醫生對話完成任務，得到EXP380星幣433醫療膠+1，所有商品八五折。並得到連續任務主要人物阿米斯坦.貝恩斯的線索。
神堡： 仰慕者
接受途徑：第一次聽證會後在上層區市場區通往下層區的樓道口和康納德對話。
單純說話的任務，這個仰慕者一共會出現3次，每完成幾個星際任務後後他都會在這個地方出現。
第一次談話：任何選擇都不影響任務。
第二次談話：a.拒絕談話，任務消失;b.答應讓他拍照，任務繼續。
第三次談話：a.拒絕談話或不用談話技巧，任務消失;b.有2點談話技巧得+8楷模/+9叛逆，EXP480。
神堡：記者的請求
接受途徑：
1.和上層衛區的艾米麗.王對話;
2.在“拳頭”的辦公室找到光碟（如果你在沒有拿光碟並離開了神堡的話，光碟消失，任務失敗）
完成主線劇情的打敗“拳頭”的情節，在“拳頭”的辦公室裡找到一章光碟：
a.之前沒接任務，現在得到任務，交給上層衛區的艾米麗.王，EXP1173星幣44000;
b.之前已接任務，回上層衛區交給艾米麗.王，EXP1173星幣44000;1點的“魅力”額外得到星幣44000;2點的“威嚇”額外得到星幣44000，+2叛逆。
神堡： 麗塔的妹妹
接受途徑：第一次聽證會後去“泛潮”吧台邊的麗塔對話。
先去柯拉的洞穴和珍娜對話。然後去C-sec警署奇林克的辦公室對話，勸服奇林克由你來接手查案，EXP1794星幣46667，6點“威嚇”/7點“魅力”額外+2道德值。
去柯拉的洞穴和賈克斯交易：
a.觸發戰鬥，回去和奇林克對話，+9叛逆。
b.避免戰鬥最終得到楷模點，回去和奇林克對話，+8楷模，EXP119星幣11667手雷+1萬用膠+20和一個隨機彈藥升級元件。
（神堡快捷交通中，開始無“泛潮”，去過一次後自動開啟。泛潮在市場區上層的中間樓梯處）
神堡：信號追蹤
接受途徑：第一次聽證會後去“泛潮”二樓賭場檢查最角落裡的“可疑的機器”後得到。
先去衛區和元環區連接道路的牆壁上調查，再去金融區的銀行裡調查，最後銀行旁邊的百貨商場後面密室檢測機器，要求輸入正確密碼，限定時間內沒有輸出正確的密碼或跑開就會死，密碼是隨機的。
限定時間為綠色，EXP3518星幣132000;
限定時間為黃色，EXP3518星幣88000;
限定時間為棕色，EXP3518星幣44000;
限定時間為紅色，EXP3518。
注意，限定時間變為紅色時，會再次生成一個新密碼。
神堡：謝爾茲的掃描器
接受途徑：成為“幽靈”後第二次進入“泛潮”後自動發生劇情，和謝爾茲對話後得到。
答應幫他測試儀器：
a.在賭場任意機器上贏七次，賭場老闆就會抓住你並沒收所得星幣和儀器，回去和謝爾茲對話完成任務;
b.在賭場任意機器上贏五次完成測試，回去和謝爾茲對話，EXP1173星幣46667;
c.把儀器直接給賭場老闆，EXP1173星幣46667，回去和謝爾茲對話完成任務。
5、神堡外星圖啟動的支線任務
總覽
異常的讀數（UNC：求救信號）——元環區——電腦
奇怪的資訊（UNC：卡爾上校）——元環區——電腦
UNC：失蹤的陸戰隊——巨塔——卡霍庫將軍
UNC：塞伯魯斯——巨塔——卡霍庫將軍
UNC：冥王的看門狗——賓蘇——（完成上一個任務後自動開啟）
UNC：敵意接管——元環區——海倫娜
失蹤人口（UNC：私掠者）——巨塔——加什羅
UNC：人質——元環區——乘坐神堡電梯時隨機得到（成為幽靈後）
UNC：失蹤的觀察小隊——對接灣——烏迪內大使、安德森艦長
桀斯行動（UNC：桀斯入侵）——諾曼第號——哈克特將軍（自動得到）
塔莉與桀斯——諾曼第號——桀斯終端（解碼）
UNC：失蹤的組件——艾倫塔尼亞——哈克特將軍（自動得到）
UNC：失蹤的貨船——沃辛頓號飛船——調查或娜莎娜
異常的讀數（UNC：求救信號）
接受途徑：遊戲第一章開始時，在烏迪納辦公室的電腦普通破解後得到。
去南船座P星雲的長蛇星系的梅特哥斯星球，降落後到地圖上的指定地點，發現中了桀斯的陷阱，用步兵戰車消滅全部敵人後任務完成。
奇怪的資訊（UNC：卡爾上校）
接受途徑：
1.第一章開始後進入C-sec總部普通破解屋裡的一台電腦後得到;
2.在菲洛斯的艾克斯吉諾基地中的一台伺服器上調查得到;
3.在諾維利亞“頂峰15號”反應堆2樓普通破解電腦後得到。
去獵鷹H星雲的世紀星系的普雷斯洛浦星球，來到指定點後發現地堡進不去，就先去旁邊的兵營，門口會被盤查：
a.如果背景是冷血之人，告訴他們你跟凱爾共事過，可直接去地堡;
b.用談話技巧勸服他，+2道德點，可直接去地堡;
c.談崩後破解掉大門闖入，戰鬥後穿過一樓大廳打開地堡的門鎖。注意，就算和平進入兵營，如果開槍打了裡面的任何人都會進入戰鬥狀態。
見到凱爾對話後，殺掉了他，開戰，+2道德值;7點“魅力”或9點“威嚇”可以避免凱爾的死亡，+8楷模/+9叛逆。
（如果你的背景是冷血之人，這裡會出現特別附加劇情對話）
UNC：失蹤的陸戰隊
接受途徑：得到“幽靈”的身份後，追蹤蜜雪兒醫生任務中貝恩斯的線索，最後去和議會塔臺階旁邊操作電腦的卡霍庫上校對話。
這是一個連鎖任務，三個連續任務的第一個，去阿耳忒彌斯T星雲的斯巴達星系的艾多勒斯星球，下降後到指定地點發生Boss戰：大沙蟲。
雖說保持不斷的無規律移動和持續開火可以很簡單勝利，但是這個沙蟲有一定的腦殘幾率會直接從你的車子下面鑽出來秒殺你，運氣不好就讀檔吧。勝利後調查屍體，回神堡報告。
UNC：塞伯魯斯
接受途徑：完成上一個任務後星際航行時接到卡霍庫的資訊，任務自動開啟。
去航行者星雲的長江星系的賓蘇星球調查，將地圖上的幾個標明的“研究設施”全部搗毀，敵人都是生物，從戰士到狙擊手都有，實力非常強，要小心。
最後一個設施裡會發現卡霍庫的屍體，調查屍體任務結束。
UNC：冥王的看門狗
接受途徑：完成上一個任務後，此任務自動開啟。
去航行者星雲的哥倫比亞星系的尼菲龍星球，進屋子開打。全滅敵人後調查終端機得到資訊，回船上打開星系圖時會有人聯絡你：
a.拒絕把資料給他，+8楷模;
b.把資料賣給他，+9叛逆星幣18000。
UNC：敵意接管
接受途徑：在C-sec警署的某個辦公室裡（奇林克辦公室隔壁）的一台電腦上，專家級破解後得到。
去和銀行附近的女人海倫娜.布萊克對話，拒絕幫她殺人+8楷模，選擇幫他殺人+2叛逆，選擇不影響任務。
然後去雙子座星雲的漢朝星系的馬維岡星球和冥王星雲的狄斯星系的克倫塞爾星球，消滅這兩個地點的犯罪團夥。
再然後去馬頭星雲的命運女神星系的阿馬蘭辛星球找海倫娜.布萊克：
a.放過她，讓她領導犯罪組織，無法搜刮她的基地，得EXP660星幣5000;
b.直接選擇逮捕的話會有戰鬥，還能搜刮她的基地，+2楷模;
c.用談話技巧說服她解散犯罪團夥，但選擇放過她，+8楷模/+9叛逆EXP880萬能膠20手雷1還能搜刮她的基地;
d.用談話技巧說服她解散犯罪團夥，並選擇逮捕她，會有戰鬥，還能搜刮她的基地，+8楷模/+9叛逆。
失蹤人口（UNC：私掠者）
接受途徑：
a.成為“幽靈”後和站在議會塔中央的加羅什對話;
b.普通破解韓山港合成體觀察公司1樓電腦後得到。
任務是要求你探聽加羅什的兄弟的訊息，如果直接答應+2楷模，先拒絕再答應+2叛逆。
去馬頭星雲的劍斯特努斯星系，先調查隱藏點MSV“王權”號，然後登錄夏雯星球，進入房子殺人放火，最後調查2樓裡面房間地上的屍體，回到神堡與加羅什對話完成任務，+2道德值。
UNC：人質
接受途徑：得到“幽靈”的身份後，乘坐神堡的電梯時聽廣播，會隨機得到這個任務。
在冥王星雲的法利塔納星系的MSV安大略號上，進入後會與6個生化異能者戰鬥，注意一旦被敵人發現就會開始倒計時，要速戰速決。進入最裡面開始談判：
a.6點“魅力”或5點“威嚇”可以順利解決問題，+8楷模/+9叛逆;
b.不用談話技巧，人質被殺死，開戰，+2道德值，EXP525星幣2240。
UNC：失蹤的觀察小隊
接受途徑：得到“幽靈”的身份後，乘坐神堡的電梯時聽廣播，會隨機得到這個任務。
前往冥王星雲的安泰星系的特雷賓星球，先去研究基地裡調查一下，從電腦裡得知避難處的存在，就在研究基地旁邊，下地道同時做好戰鬥準備，裡面有近20只“屍傀”，不要一不小心被他們的電磁脈衝自爆死。
敵人全滅後任務自動完成。
桀斯行動（UNC：桀斯入侵）
接受途徑：
a.在艾克斯吉諾基地做主線任務時專家級破解電子儀器獲得;
b.進入阿姆斯壯星雲後自動觸發。
徹頭徹尾的打架任務，阿姆斯壯星雲的每一個星系裡的可登陸星球都有敵人的基地，挨個毀掉就可以，如果有運兵船，直接攻擊飛船或殺兵到一定程度它就會逃走。
四個星系都完成後星雲內會出現新的格力索姆星系，進入可登陸星球全滅敵人，任務完成。
塔莉與桀斯
接受途徑：完成了支線任務“UNC：桀斯入侵”後，調查桀斯電腦後得到。
和塔莉對話：
a.拒絕把資料直接給塔莉，她表示打敗薩倫後會離開，+1叛逆，EXP1029;
b.把資料交給塔莉，+1楷模，EXP1029。
UNC：失蹤的組件
接受途徑：進入阿提卡B星雲大力神星系的愛蘭塔尼亞行星，自動發生。
到了星球表面，先去調查被桀斯擊落的探測器，會得知主要的零件被猴子偷走了，這時地圖上會標出一些猴子聚集地給你搜查。
所有野外的猴子都是沒用的，地圖上方偏右的資訊點是一個地道，進入裡面在最深處的房間裡的猴子身上可以得到零件，你殺了任何猴子（包括壓死）就會+4叛逆點，不殺任務猴子的情況下調查最後猴子就+6楷模點。
（程式Bug：得到元件存檔後再讀檔，可無限調查最後一個猴子得楷模點，然後再殺任意猴子得叛逆點）
拿到零件回去的路上會被桀斯襲擊，小心應對。
UNC：失蹤的貨船
接受途徑：完成初期的三個星際任務之一後，去雙子座星雲的明朝星系的MSV沃辛頓號貨船。
進入飛船，一路上都有爆炸陷阱，調查三個地圖上的資訊點後出現Boss，或者你先調查躺著的人並堅持選擇切斷維生裝置的話，Boss就會直接出現。敵人是一個異能者，用“衰減”極為有效。
隨後關閉維生裝置完成任務。