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天賦顏色與連接
遊戲中的所有素材、調和品都具有天賦顏色，在調和以及道具強化時，通過連接天賦顏色，可以獲得各種收益。天賦顏色連接這一機制是本作調和的核心機制。
調和與改良
本作的調和可以分為兩個階段：
第一個階段為固定投料階段，只能投入指定素材，且只有在每個欄位都投入素材後才能進行調和。
第二個階段為改良階段，有三個改良素材欄位，改良素材欄位元的類別、順序以及產物初始的天賦顏色由配方本身決定。在改良階段，每個改良素材欄位均可以投入對應類別的素材，每個欄位是否投入素材均為可選，在改良階段隨時可以結束調和獲得最終產物。
產物的天賦顏色控制
在改良階段，通過連接天賦顏色，可以改變最終產物的天賦顏色。產物的天賦顏色取決於從左側第一個欄位開始進行天賦顏色連接，最後一個能雙向連接天賦顏色的欄位(如果沒有則為該配方默認的天賦顏色)，具體可以分為三情況：
第一個與第二個欄位沒有天賦顏色連接;或第一個與第二個欄位有天賦顏色連接，而第三個與第二個欄位沒有天賦顏色連接，此時最終產物的天賦顏色為配方默認的天賦顏色。
前三個欄位均有天賦顏色連接，而第四個欄位與第三個欄位沒有天賦顏色連接。此時最終產物的天賦顏色為第二個欄位的素材的天賦顏色。
四個欄位均有天賦顏色連接，此時最終產物的天賦顏色為第三個欄位的素材的天賦顏色。
理論上，任何一個配方都可以做出 5 * 5 = 25 種不同的天賦顏色(想要調和出單色需要使用變色岩先獲得至少一個單色的素材)。
此外，在彩色石充足的情況下，便可以將任意一種天賦顏色轉移到想要的產物上，最有用的是用來批發單色的調和品。
首先使用變色岩獲得純紅色的紅色中和劑：
然後通過彩色石(中和劑)(後期可以在商店批發)，就可以將任意配方調和出純紅色的產物：
配方變化
在調和的改良階段放入特定的素材(具體素材可以看配方衍生圖)，且保持所有投入素材的欄位的天賦顏色連接，就可以觸發配方變化，進行配方變化後，直接進入新配方的改良階段。
以中和劑·紅進行配方變化為例，投入能夠產生天賦顏色連接的植物精華後，此時滿足條件，能夠進行配方變化。
而進一步地，在第四個改良素材欄位投入任意素材後，不滿足【保持所有投入素材的欄位的天賦顏色連接】的條件，無法進行配方變化。
特性與特性繼承與特性合成
本作的素材和大部分的調和品都只有一個特性，使用類調和品和裝備可以有最多 3 個特性。在調和的任意階段，如果投料的素材能夠產生天賦顏色連接，那麼調和產物將繼承其特性，如果是炸彈、食品這種最多有 3 個特性的素材，只繼承其第一個特性。特性繼承的順序由從左到右的天賦顏色連接順序決定，與投料順序無關。
一個調和品最多可賦予 3 個特性，如果在賦予第 4 個特性，那麼第一個特性就會被移除。特別的，如果賦予的特性與已有的特性可以觸發特性合成，那麼將移除進行合成的特性，賦予合成後的新特性。
對於非使用道具與裝備，其繼承的每個特性將單獨生成一份產物，因此，在調和這些作為特性繼承中間產物的配方時，只需要關注想要的特性能被繼承即可，其他兩個特性是什麼完全可以不管。
道具強化
通過水滴結晶洞後，解鎖道具強化功能，可以對使用道具和裝備進行強化，通過選擇不同的魂靈核心，在道具強化中進行天賦顏色連接將產生不同的強化效果。
在道具強化中，可以使用角色或妖精作為助手，必須選滿三名助手才能進行道具強化。
與調和中的特性繼承相似，在道具強化中，如果進行天賦顏色連接，且該助手攜帶的特性在被強化的道具上能夠生效，那麼被強化的道具將繼承該特性。比如，裝備不能繼承【使用次數+2】等只對使用道具生效的特性，使用道具不能繼承【超攻速強化】等只對特定類型裝備生效的特性(具體可以在【指南-特性】中查看每個特性可以被哪些類別的道具繼承)。
使用道具推薦使用【魂靈核心·黃】進行道具強化，提升使用次數，不論是前期、中期還是後期，收益都很高。
裝備在沒解鎖夥伴特性的情況下，可以先用【魂靈核心·紅】來拉裝備的四維數值;後期畢業裝使用【魂靈核心·綠】，配合夥伴特性，將各種終極特性整合到裝備上。
道具等級與效果
本作使用道具等級來衡量一個道具的質量。對於所有的調和品，在道具等級達到一定值(30 / 60 / 100)時，會階段性地提升道具的效果，如果道具等級介於某一段之間，其數值型效果取插值。
調和時，最終產物的道具等級為配方等級 + 所有投入素材的道具等級之和 / 6，上限 99 級。
| 魂靈核心 | 效果 |
|---|---|
| 魂靈核心·黃 | 減少選擇助手角色所需的克爾 直接連接天賦顏色時，可增加使用次數 |
| 魂靈核心·紅 | 在連接天賦顏色後可以提升狀態 |
| 魂靈核心·藍 | 各助手角色的等級提升 50% 無法發動特性合成 |
| 魂靈核心·綠 | 發動特性合成時，變為使特性提升 1 階段 各助手角色的等級下降 25% |
| 魂靈核心·紫 | 在連接所有天賦顏色後，道具效果提升 1 階段 ※以達最大效果時無效 |
使用道具(炸彈、藥品、食品、魔法道具)、裝備可以通過【道具強化】進一步提升道具等級，最終產物的道具等級強化前的道具等級 + 三個助手的等級之和 / 9，初始的強化上限為 99 級，通關洛伊基熔岩洞後上限提升至 120 級。
本作的特性基本上是道具等級越高獲得的效果越強，許多道具在 100 級之後還會有非常強力的效果，基本上無腦拉高等級就可以了(效果這塊感覺相較於以前的作品簡化了不少，調和產物效果的可控維數變得單一，沒得自行控制效果組合了，效果的強度也變得單調了)。
活性素材
通關食骨山后，解鎖活性素材的使用。
在調和過程中的改良階段，可以使用活性素材來更改改良素材的天賦顏色或改良素材欄位的類別。在每次調和中，僅可以使用一次活性素材，但如果觸發配方變化，則可以再次使用。
在道具強化中，可以使用活性素材來更改天賦顏色，單次道具強化中，僅可以使用一次活性素材。
全活性素材收集列表詳見【活性素材】一節。