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來到守護者神殿，這裡早已大變樣。
找到朱諾獸直接質問她為何做出那些事，交流後原來一直跟在身邊的南瓜獸才是導致兩獸決裂的關鍵人物。
南瓜獸見事情敗露，也不再偽裝，指使朱諾獸襲擊眾人。
猝不及防，很快就被南瓜獸關了起來。就在感到絕望之時，之前被擊敗的泰坦獸出現了。
不過，由於它此前吸收了秘寶，現在變成了犄角獸。它前來幫助我們，讓重新燃起了希望。
阿波羅獸認為姐姐密涅瓦獸可能也被抓到這裡了，於是大家決定先去找她。
向前走去，果然找到了密涅瓦獸所在之處，可門卻怎麼也打不開，需要找到終端裝置才行。
經過一番尋找，發現了那個裝置，但它被其他裝置鎖定著，必須先解除鎖定。
先去解除紀州終端裝置的鎖定。當完成這一步後，來時的路竟被封住了。
抬頭一看，頭頂有一個裝置，用數碼攻擊摧毀它，被關上的門便打開了。
天使獸出現並一直追著我們，顧不上與它糾纏繼續前進。戰鬥可以讓它暫時留在原地，回頭走進迷宮。
在迷宮中，遇到路不通的情況，就攻擊頭上的裝置。解法依舊相同。打頭上的裝置後，來到了三隻數碼寶貝面前。
與它們互動後，天使獸又出現了。好在三兄弟挺身而出，為我們擋住了天使獸。我們趁機回去啟動裝置。
下樓梯時，天使獸再次出現，不過這裡是監獄區域，它沒有了神殿的庇護，主動出擊。
戰鬥後將它關在了牢裡，終於擺脫了它的糾纏。
接著，我們順利找到密涅瓦獸並將她解救出來。眾人一同去面對朱諾獸。
此時的朱諾獸已經發狂，理智不清，還說我們就是守護者。
經過一番激烈的戰鬥，我們擊敗了朱諾獸。之後，那只神秘的數碼寶貝又出現了，但很快又消失了。
朱諾獸清醒過來，道出了真相。原來那只數碼寶貝是英雄王的怨念，它因朱諾獸的怨念入侵並控制了朱諾獸。
朱諾獸還告訴我們時空獸的真正目的，原來被封印的時空獸現在一心尋死，可高等存在卻不讓它死。
所以它搞了一個蛋，希望借助我們來結束自己的生命。離開劇場後，我們再次找到朱諾獸。
她告訴我們，我們就是守護者，時空獸想讓我們取代它然後自己死去，這讓我們一頭霧水。
之後和博士交流得知，我們並沒有阻止泰坦族的進攻，人類還是啟動了巨型兵器。
同時，我們還得知結成博士只是動畫角色，主角的身份變得更加撲朔迷離。
時空獸的怨念已經融入了巨型兵器當中，人類和數碼寶貝的大戰會導致封印大門的打開，而這一切都是時空獸的計畫，它想讓我們取代它。