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《空之軌跡the2nd》存在大量本周目一旦遺漏，需二周目才能補齊的收集要素，不少還關聯獎盃成就。第8章可重返多數城鎮補救部分內容，下文整理易錯過內容，遊玩時記得多加留意。
很多收集要素不開啟二周目就無法補回，部分直接關聯獎盃、成就。第8章能夠重返各大城市及周邊區域，該範圍內的遺漏內容，可在第8章嘗試補救。
限時要素清單
支線任務 & BP 遊擊士等級
支線全部設有截止期限，部分任務選項會改變 BP 點數與報酬。主線、支線均可獲取 BP，對話與行動選擇會影響 BP 總量，想沖高遊擊士等級需要留意每處選項。
戰鬥手冊（魔獸圖鑒）
不少敵人僅在特定劇情階段登場，劇情推進之後就無法再次遭遇，一旦漏殺，本周目戰鬥手冊無法填滿。
料理食譜
食譜可通過寶箱、任務獎勵、購買料理習得。一部分食譜獲取視窗限時，錯過機會本周目無法補齊，導致料理手冊不能全收集。
書籍
各類書籍有固定購買、拾取時段，錯過當期就無法在本周目再次拿到。
寶箱
隨劇情發展，部分區域會永久封鎖、無法返回，區域內寶箱一旦漏掉，本周目不能回頭開啟。
釣魚手冊
魚種捕獲記錄影響獎勵與成就。部分釣點隨劇情關閉，離開區域前務必核對釣魚手冊，避免魚種漏登記。
耀晶石
全耀晶石收集是獎盃成就條件。部分晶石僅來自限時任務、獎勵、寶箱，獲取機會僅有一次，漏拿本周目無法補。
序章同行角色選擇
序盤可挑選同行角色，未選中角色後續依舊入隊，不會永久失去同伴，但部分劇情對話、事件演出會產生變化，想看完全部對話分支要多周目。
獎勵報酬飾品
獎勵獲得的專屬飾品，別處無法獲取。
如果賣掉，只有開啟不繼承獎勵的 NewGame + 才能重新拿到。
噩夢難度通關成就
噩夢通關對應專屬獎盃成就。
中途下調難度的判定以正式版為准；
周目時的NewGame+可以重新選擇難度。
